De Herderin was net als haar ‘zustermolen’ De Herder een paltrok balkenzager. Over de vroegste geschiedenis van deze molens is niets bekend. Het staat wel vast dat De Herder eerder gebouwd werd dan De Herderin. Beide molens stonden aan de Mallegatsloot achter het Breedweer in Koog aan de Zaan pal ten oosten van oliemolen De Waterhond, die in 1663 werd gebouwd. Deze molen stond op de hoek van de Watering en de Mallegatsloot en dus ver in het Westzijderveld.
De lokatie blijkt uit diverse gegevens. Op 12 januari 1805 werd een stuk land verkocht aan de Mallegatsloot ‘belend ten oosten de Molen de Herderin, en zijnde het oostergedeelte van het land tussen genoemde molen en de molen de Waterhond. Het water beoosten dit land behoort aan de eigenaar van de Herderin, evenzo de dam tussen het erf van de afgebroken molen de Harder.’
Dat er een onderling verband was tussen De Herder en De Herderin was, blijkt niet alleen uit de officiële naam, maar ook uit de bijnamen. De Herder werd ook Oude Kerk of Oude Kikker genoemd. De Herderin stond bekend als Nieuwe Kerk en Nieuwe Kikker. De Herder werd dus ongetwijfeld als eerste gebouwd.
In de lijst van ruim 300 verbandactes, die in het oud-rechterlijk archief van de Banne Westzanen bewaard zijn gebleven, komen twee actes voor op naam van Willem IJsbrantsz voor molens op de Mallegatsloot. In deze actes werd de verplichting tot het betalen van windpacht aan de rentmeester van Kennemerland en West-Friesland vastgelegd. De eerste dateert van 23 november 1644 en vermeldt dat de bijbehorende windbrief op 4 november 1644 werd verstrekt. Bovendien wordt in dit document gemeld, dat de eerste vervaldag van de windpacht op kerstmis 1644 was vastgesteld. Dit duidt er op dat de molen toen een jaar in werking was. De tweede acte is van 26 mei 1651 en geeft geen verder details. Wel wordt vermeld dat de windpacht op 3 pond Vlaamse Groten van veertig ’t pond – gelijk aan 3 gulden – was vastgesteld en dat deze inging per kerstmis 1651. De molen was toen dus gangbaar. Ook voor de eerste molen moest 3 gulden per jaar worden betaald. Dat was het normale bedrag voor een paltrokmolen .
Deze verbandactes behoren ongetwijfeld bij De Herder en De Herderin, temeer daar in de oudste acte ook de belendingen van de molen worden genoemd. Deze zijn ‘ belend ten noorden Jan Pietersz en ten zuiden Claas Pietersz.’ Toen op 6 januari 1663 de windbrief voor oliemolen De Waterhond werd uitgegeven stond deze op naam van Pieter Jansz Haan. Zonder enige twijfel was dit de zoon van Jan Pietersz.
Er was ook een recht van overpad vastgelegd voor De Herderin en De Waterhond over landerijen tussen de molens en het Breedt, nu het Breedweer. Dat recht van de eigenaren van beide molens werd op 5 september 1798 nog eens vastgelegd, toen Guurtje Meynsdochter Haantjes, de weduwe van Jan Koning ‘drie aaneen gedamde landerijen aan de noordzijde van de Mallegatsloot’ aan haar zoon IJsbrand verkocht. Deze was al eigenaar van land, dat oostelijk van zijn aankoop lag, en werd ten westen belend door land van Cornelis Cardinaal en de Watering en ten noorden door de weduwe Dirk Buys. In de verkoopacte werd het recht van overpad voor de eigenaren van de molens De Waterhond en De Herderin nogmaals bevestigd. Deze eigenaren waren verplicht het pad ‘over de noordzijde van het land’ te onderhouden. Bovendien had de eigenaar van paltrok De Poort het vrije gebruik van de sloot ten zuiden van de molen. Al met al werd IJsbrand Koning door deze aankoop eigenaar van een groot stuk land van 2267 ½ roeden.
De vader van IJsbrand Koning was lang eigenaar geweest van de molen De Poort en Cornelis Cardinaal was in 1798 eigenaar van De Herderin.
Aan de hand van al deze gegevens is het wel vrijwel zeker dat in de verbandacte van 26 mei 1651 de windpacht voor De Herderin werd vastgelegd. Ruim twintig jaar later was de molen eigendom van Heynderick Dirksz Sijbrants. Dit was een telg uit een vooraanstaand Zaandams houtzagersgeslacht. Heynderick was eind 1675 overleden en zijn erfgenamen Heynderick Jansz Nen, IJsbrant Heyndericksz en Gerrit Jansz verkochten toen op 16 januari 1676 aan Jan Claesz Louwe en Gerrit Claasz elk een half part voor een totaal bedrag van f. 1700,-. Claes Jansz Louwe, de vader van één van de kopers, stond garant voor het portie van zijn zoon. De Herderin bleek toen belend ten zuiden door de Mallegatsloot, en ten noorden door Claas Dirksz .
Jan Claesz Louwe had niet lang plezier van zijn nieuwe aankoop, want in 1681 overleed hij zelf, waarna zijn erfgenamen zijn helft in De Herderin voor f. 600,- verkochten aan Gerrit Claasz Petman uit Koog. De waarde van de molen was dus met f. 500,- gedaald .
Op 1200 gulden stabiliseerde de prijs van de paltrok, want in 1697 werd op 6 juni opnieuw een verkoop van De Herderin geregistreerd. Dit keer verkocht Gerrit Claasz Kleijn uit Westzaandam de molen aan Claes Kuijper, Pieter Claasz Kuijper en Claas Cornelisz Kuijper, die ook allemaal uit Westzaandam kwamen. Zij namen elk 1/3e portie voor hun rekening en moesten daar f. 1203,- voor betalen. Een bedrag, dat ze wel in twee termijnen konden voldoen. Er zat bovendien nog voor f. 154,- aan los gereedschap in dit bedrag, terwijl de windpacht voor 25 jaar werd afgekocht voor een bedrag van f. 75,-. De jaarlijkse belasting voor ‘het gebruik van de wind’ was dus nog steeds even hoog als in het bouwjaar 1651 .
De molen zou daarna lang in bezit van de familie Kuijper blijven en zelfs middenin de periode van de zware recessie in de houtzagerij hield De Herderin zijn waarde.
Toen Pieter Claesz Kuijper en zijn echtgenote Barbertje Lammertsge in 1730 was overleden, bleek hij eigenaar van 2/3de part in De Herderin. Dit part werd op liefst 3200 gulden getaxeerd en toegewezen aan Claes Cornelisz Kuijper. Pieter Kuijper bleek bij deze boedelscheiding ook eigenaar van De Oude Schaapsherder of kortweg De Herder, die achter het Breedweer in het Westzijderveld stond. Deze molen ging naar Dirk Claesz Kuijper. Pieter Kuijper bleek een welgestelde man, want in totaal viel er door de erfgenamen ruim 30.000 gulden te verdelen. Claes Kuijper ontving daarvan 3/8e part. Dirk Kuijper Clsz 1/8ste en Trijntje Willems Fijn, de echtgenote van Jan Simonsz Moeriaen, kreeg de helft .
Op 30 mei 1759 was Cornelis Kuijper eigenaar van de molen en hij verzekerde hem voor f. 1000,- . Na zijn dood werd De Herderin op 29 juni 1773 overgeschreven op naam van zijn erfgenaam Cornelis Haremaker . Deze werkte er nog acht jaar mee. Hij verkocht de molen – ‘sijnde een palsrock’ – op 6 januari 1776 voor f. 1100,- aan Cornelis Cardinaal, die op 16 februari 1781 de verzekerde waarde op 1200 gulden liet brengen . Het ging toen inmiddels weer wat beter in de houtzagerij. Cardinaal, die ook de paltrok De Grauwe Eend en de bovenkruier zaagmolen De Dikkert aan de Mallegatsloot, in zijn bedrijf zou opnemen, overleed op 11 juni 1804. Hij had ook nog met Het Herderskind of Deutel, die op een erf tegenover de oliemolen De Reus aan het Zuideinde in Koog stond, gewerkt. Deze molen verkocht hij aan iemand uit Delft, die hem liet afbreken en verplaatsen. Waar naar toe is niet bekend, maar vermoedelijk was dit de woonplaats van de betrokkene.
De erfgenamen van Cardinaal verkochten na zijn dood De Herderin voor slechts f. 760,- aan Pieter van Heynsbergen, die op 4 juli 1805 ook de verzekering op zijn naam liet zetten . In de boedelbeschrijving van Cardinaal werd de inventaris van de molen vastgelegd. Deze geeft een mooi overzicht van de gereedschappen,. die toen in een paltrok werden gebruikt en luidde als volgt:
De familie Van Heynsbergen bleef maar een paar jaar actief met De Herderin. Op 1 februari 1809 verkocht M.P. van Heynsbergen uit Westzaandam ‘het molenerf, waarop de paltrok De Herderin heeft gestaan, beneffens de haven of het water bij genoemde molen behoord hebbend, belend ten westen door de koper en ten oosten door Dirk Visser’ aan Dirk de Vries uit Koog. Alles bij elkaar ging het om 44 roeden. De grondprijzen waren als gevolg van de economische malaise, die door de Franse overheersing was opgetreden, dramatisch gekelderd. Van Heynsbergen ontving slechts 26 gulden voor het erf en daarmee was het hoofdstuk De Herderin definitief gesloten .
