De Herder werd al in 1655 in de stukken aangetroffen, maar het bouwjaar is niet bekend. De molen stond ten noorden van de Mallegatsloot op de hoek met de Watering achter het Breedweer. Deze Herder was een paltrok balkenzager, die ook bekend stond als De Oude Schaapsherder. Bovendien werd hij genoemd onder de bijnamen De Oude Kerk en De Oude Kikker.
Dat het om een ‘oudje’ ging was dus wel duidelijk. Op de lijst van 320 verbandactes in het oud-rechterlijk archief van de Banne Westzanen komen twee molens voor aan de Mallegatsloot. Het gaat hier om De Herder en zijn ‘zustermolen’ De Herderin. Beide verbandactes, waarin de windpacht werd geregeld, staan op naam van Willem IJsbrantsz. De eerste acte werd afgegeven op 23 november 1644. In dit document wordt ook de datum van afgifte van de windbrief genoemd. Deze was 4 november 1644 met de aantekening, dat de eerste vervaldag van de windpacht kerstmis 1644 was. Deze laatste mededeling duidt er op dat de molen al een jaar eerder gangbaar was. De hoogte van de belasting bedroeg 3 pond Vlaamse Groten van veertig ’t pond, wat gelijk stond aan 3 gulden. Dit was het gangbare bedrag voor paltrokmolens.
De andere verbandacte werd op 26 mei 1651 afgegeven en geeft geen bijzonderheden over de windbrief. Voor deze molen moest 6 gulden windpacht per jaar betaald worden. Het ging hier dus om een grotere molen dan de eerste molen, die IJsbrantsz liet bouwen.
In de acte van 1644 worden als belendingen van de molen de erven van Jan Pietersz ten noorden en van Claas Pietersz ten zuiden genoemd. Op 6 januari 1663 werd de windbrief voor oliemolen De Waterhond, die vlakbij de hoek van de Watering en de Mallegatsloot ten noorden van de paltrok De Herder werd gebouwd, afgegeven op naam van Pieter Jansz Haan. Dit was ongetwijfeld een zoon van Jan Pietersz, want uit latere stukken blijkt dat De Herderin en De Herder pal ten oosten van De Waterhond aan de Mallegatsloot stonden.
Aangezien De Herder ook bekend stond als Oude Kerk of Oude Kikker en De Herderin als Nieuwe Kerk of Nieuwe Kikker is het duidelijk, dat De Herder als eerste gebouwd werd. Daaruit kan de conclusie getrokken worden dat de verbandacte van 23 november 1644 bij De Herder hoort. De molen was dus gangbaar met kerstmis 1643, zoals uit bovenstaande gegevens blijkt.
Het verschil in de hoogte van de windpachten van beide molens is wel onverklaarbaar. Beide molens waren paltrokken. Zo staan ze ook in de molenlijst, die drie schaatsenrijders in de winter van 1726 opstelden.
De Herder komt in een aantal verzekeringscontracten voor en daaruit blijkt dat deze molen in elk geval een paltrok was. Hij werd namelijk steeds voor f. 1200,- verzekerd. Dat was lang het standaardbedrag voor een paltrok. Op 1 januari 1711 was Meyndert Kat eigenaar . Drie-en-twintig jaar later – op 1 januari 1734 – verzekerde Abraham Spekham de molen . Er moet toen sprake geweest zijn van een partenrederij, want vier jaar eerder werd op 4 juli de boedel van Pieter Claesz Cuyper en Barbertje Lammertsge verdeeld. De Oude Schaapsherder of Herder ‘bewesten het Breedweer’ werd toen toebedeeld aan Dirk Claesz Kuijper. Waarom Spekham de molen verzekerde is niet duidelijk, want De Herder werd vanaf 2 juni 1738 tot 3 juni 1762 wel op naam van Dirk Kuijper verzekerd. In juni 1762 werd De Herder tijdens de algemene jaarvergadering van het contract uitgeschreven . In het assurantiecontract wordt op die dag de simpele mededeling ‘verkocht’ opgenomen. Uit de transportregisters van de Banne Westzaan blijkt dat Cornelis Kuijper uit Koog en Claas de Jong uit Westzaandam de kopers waren. Ze betaalden f. 700,- aan de erfgenamen van Dirk Kuijper, die dus was overleden. Deze erfgenamen waren de weduwe van Dirk, Trijntje Wouters, en haar dochter Neeltje Dirks Kuijper, die mat Claas Lakeman was getrouwd . De nieuwe eigenaar was de buurman van De Herder. Cornelis Kuijper’s erf lag ten zuiden van De Herder. Er werd een zogenaamd servituut op het erf van De Herder gelegd. Deze overeenkomst hield in ‘dat het erf van de molen en de hele dors tot de Mallegatsloot vrij en onbelemmerd moet blijven en dat de zuidelijke sloot bruikbaar moet blijven voor Cornelis Kuijper.’
Deze bereikte hiermee dat zijn andere molen, De Herderin, voor altijd onbelemmerd in de wind kwam te staan.
Aangezien de acte op 25 januari werd opgemaakt vond de verkoop voor die datum plaats. Er werden die dag nog zes andere molentransporten geregistreerd waaruit wel geconcludeerd kan worden, dat schout en schepenen de paperassen lieten voorbereiden en die dan allemaal tegelijk tekenden. Er werden die dag ook een hele reeks huizen overgeschreven.
Het was de laatste mededeling, die over De Herder werd gevonden. Kort daarna is hij gesloopt.