De molen ging op 3 december 1863 in vlammen op. Er stond een geweldige storm, toen ’s avonds om acht uur alarm werd geslagen. De Kalver brandweer rukte uit met twee spuiten. De molen stond toen al geheel in lichterlaaie. Men kon weinig meer uitrichten dan het nat houden van de nabij gelegen percelen. Toen er geen gevaar meer voor deze gebouwen was werd ingerukt, maar de spuiten liet men ter plaatse staan.
Uit het brandrapport van spuit nr. 9 van het Kalf, bijgehouden door de hoofdcommandant Hendrik Smit Az, blijkt: “Er waren 65 spuitgasten niet opgekomen. ’t Was ’s nachts toen één uur en schrikkelik koud. De volgende morgen ten 7uur is de ondercommandant met 18 spuitgasten er op uitgetrokken om het overgebleven vuur te bestrijden, dat ’s middags om twee uur was gebluscht. De kosten waren aan arbeijtsloon f. 20,-. Aan brood aan Pelk f., 3,-; Aan jan ter Hoeve 16 kan ouwe klare en 3 kan brandewijn f. 14,70. Klaas Kerkhoven, de pijpleider, heeft zijn laarzen verloren en ving f. 4,- vergoeding. Aan 19 Personen werd f. 20,40 uitbetaald .”
Een jaar later was De Houtsnip herbouwd. De klus werd geklaard door molenmaker Jan Gras van het Kalf. De nieuwe Houtsnip was de laatste pelmolen, die in de Zaanstreek werd gebouwd. Eigenaar Klaas Blans liet de molen zo inrichten, dat er met twee stenen tegelijk gepeld kon worden. Daarvoor was natuurlijk wel heel wat wind nodig. Gebruikelijk was dat men met één steen werkte en de andere dan ‘uitliet’. De nieuwe Houtsnip was in februari 1865 gereed voor gebruik. Hij kon het toen opnemen tegen De Jonge Prinses aan de Kalverringdijk en De Gebroeders achter de Kalverkerk. Dit waren de twee enige pelmolens in de Zaanstreek, die met drie stenen waren uitgerust en met twee tegelijk konden draaien.
Molenmaker Gerrit Husslage Dsz uit Zaandijk sprak met respect over deze krachtpatsers. In zijn boek ‘Viere Voor!’ zei hij: “Voorwaarde was natuurlijk wel dat er een behoorlijkewind stond. Het kwam zelfs voor dat bij aanwakkerende wind de oliemolens zwichtten en dat De Houtsnip dan ging uitleggen. De olieslagers zeiden dan: ‘De Houtsnip gaat deurlope.’”
Klaas Blans meldde de nieuwe pelmolen op 10 februari 1865 per brief aan bij het Papiermakerscontract. Hij wilde de molen voor f. 12.000,- laten verzekeren. “Om reden dat de opbouw mij ruim 20.000 gulden gekost heeft,” schreef de Zaandamse koopman. De gecommitteerden vonden het verzekerde bedrag echter te hoog en wilden niet verder gaan dan tot 10.000 gulden, waarbij de andere opstallen op het erf ook verzekerd zouden zijn.
Blans ging echtger in verweer en schreef: “Andere molens, die voor f. 8000,- werden verkocht, werden ook voor die som verzekerd. Ik vraag u mijn verzoek voor te leggen aan de algemene vergadering .”
Hij kreeg gelijk. Op 2 maart 1864 werd de nieuwe Houtsnip voor een bedrag van f. 10.000,- verzekerd tegen brand .
Deze nieuwe molen werd als één van de eersten in de Zaanstreek uitgerust met een doppensteen voor het vermalen van rijst-en cacaodoppen, dat verwerkt werd in veevoer. Dit was een gevaarlijk werk door de hitte-ontwikkeling, die door de wrijving ontstond. Bovendien konden er vonken van de stenen afkomen, omdat men de neiging had ze zo dicht mogelijk bij elkaar te plaatsen, waardoor het beste maalresultaat werd gehaald, maar als dan door een verstopping in de pomp, die de grondstof aanvoerde, niet voldoende doppen en meel tussen de stenen aanwezig waren konden de stenen elkaar raken. Met als gevolg vonken en een hoog brandgevaar, omdat het gemaal brandbaar was.
Op 3 februari 1874 werd een omvangrijk onderzoek naar de brandveiligheid van doppenstenen ingesteld op bevel van de gecommitteerden van het Papiermakerscontract, een belangrijke brandverzekering in de Zaanstreek. Dit naar aanleiding van de fatale brand, die op 27 januari van dat jaar de pelmolen De Jonge Kuiper in de as had gelegd. De algemene mening was dat er vonken van de net geplaatste doppensteen waren afgekomen, die de molen in lichterlaaie had gezet. Er waren op dat moment nog drie doppenmolens in het Papiermakerscontract verzekerd. Dit waren De Jonge Dolfijn in Westzaan, Het Guiswijf in Zaandijk en De Houtsnip. Met De Jonge Kuiper waren dit ongetwijfeld de eerste doppenmolens in de streek.
De plaatsing van de doppenstenen toonde aan dat het slecht ging met de normale pellerij. De opkomst van de stoomfabrieken kon op dat moment al niet meer opgevangen worden door de windpellers. De doppenstenen zouden in de komende 25 jaar steeds het einde van de molens inluiden, hoewel ze dus nog vrij lang stand wisten te houden. Uit het onderzoek van de overlieden en de speciale commissie van het Papiermakerscontract kwam naar voren dat de doppenstenen brandgevaar veroorzaakten. Men besloot de eigenaren te verplichten alle delen van de molen, die met de stenen en het maalsel in aanraking kwamen te laten bekleden met ijzer. Op 20 augustus 1874 liet Klaas Blans, de eigenaar van De Houtsnip, schriftelijk aan de directeuren van de verzekering weten: “Alles wat met de doppensteen in aanraking komt wordt van ijzer gemaakt en het meel dat van de steen komt zal door een ijzeren buis naar een ijzeren reservoir worden geleid. Ik zal mijn maanstukken en de pompen met ijzer laten bekleden, maar er is geen mogelijk het meel in een bak op te vangen om reden dat er geen ruimte voor is.”
Blans kreeg toestemming om hier voor zijn oude buil te gebruiken. Op 8 oktober van dat jaar kreeg hij bericht dat zijn molen was goedgekeurd en dat de verzekering gehandhaafd kon blijven . De verwerking van rijstafval ging op de oude voet verder. Wat ook wel bleek uit de verzekering van de lading via assurantiekantoor W. van Orden uit Zaandam. Op 2 augustus 1876 werd voor f. 2500,- aan rijst en rijstafval verzekerd. Deze polis liep tot 21 mei 1884, maar de verzekerde waarde was toen f. 20.000,- .
In 1881 kreeg Blans een waarschuwing van de gecommitteerden van het papiermakerscontract. Op 1 maart van dat jaar werd door Zaandijker molenmaker Pieter Vredenduyn een schouwingsrapport aan de gecommitteerden van het Papiermakerscontract gezonden. Daarin maakte hij melding, dat in ‘De Houtsnip van eigenaar Klaas Blans uit Zaandam nog steeds oude petroleumlampen werden gebruikt, die ik brandgevaarlijk acht.’
Vredenduyn haalde artikel 3 van het veiligheidsreglement aan, waarin duidelijk was vastgelegd dat “petroleum niet gebrand mag worden dan in goed gesloten lantaarns.” Hij constateerde ook dat vrijwel in alle molens het advies was opgevolgd om moderne gegalvaniseerde brandemmers aan te schaffen. Dat betekende het einde van de leren emmers, die eeuwenlang in de molens hadden gehangen .
Eind 1890 – op 11 november – kreeg Blans bericht dat hij opnieuw verzieningen moest treffen om aan de veiligheidseisen te voldoen. Dit keer moest de schoorsteen van de hut worden vernieuwd .