De Herderin verscheen in 1686 in het Zaanse molenlandschap. Op 14 mei van dat jaar werd aan Pieter Claesz Lelij de windbrief uitgereikt. Hij bouwde zijn molen op de oostoever van de Zuiderwatering in het verlengde van het Zilverpad, de huidige zuidzijde van de Gedempte Gracht in hartje Zaandam.
De molen stond op een gehuurd erf, wat bleek bij de verkoop van De Herderin op 7 december 1719, toen deze paltrok wagenschotzager voor liefst f. 2800,- van eigenaar veranderde. In de winter van 1726 was de molen in bezit van Dirk Mighielsz. Dit blijkt uit de molenlijst, die de schaatsenrijders Jacob van Sante, Cornelis P. Mens en Jan Pouwelsz Bont toen opmaakten. Zij noteerden bovendien zoveel mogelijk de namen van de eigenaren van de 534 molens, die ze registreerden tijdens hun tocht door de Zaanstreek .
Op 10 april 1760 leek het einde gekomen voor De Herderin. Op die dag werd de molen voor f. 430,- verkocht en dat was een sloopprijs. Verkoopster was Grietje Dirks Bogaard uit Westzaandam, die de molen overdeed aan Claas Lourensz Louwe . Bij deze transactie werd De Herderin omschreven als ‘eiken houtzaagmolen’. Daarmee werd een wagenschotzager aangeduid. De windpacht voor deze molen stond op vier gulden per jaar. Het was dus geen grote molen.
Boorsma veronderstelde dat de molen kort na deze verkoop is gesloopt, maar J.W. Groot beweerde dat De Herderin in 1789 nog steeds bestond. Deze Zaandamse onderzoeker uit het begin van de twintigste eeuw had gelijk. Op 25 juni 1789 werd door schout en schepenen van de Banne Westzaan een transportacte voor De Herderin opgemaakt. Dit was een noodzakelijk document bij verkoop van onroerend goed. Eigenaar Claas Louwe deed de molen ‘aan de Zuiderwatering op ’t eynde van ’t Silverpadt’ voor f. 1600,- over aan Remmert de Vries .
Daarmee werd het bestaan van deze molen met minstens 29 jaar verlengd.