De Koockermolen in Wormer kwam al in 1630 voor. Molenaar Cornelis Garbrantsz ondertekende toen een petitie van de Wormer acht meelmolenaars. Er zijn ook acht windbrieven van Wormer meelmolen gevonden, die allemaal dateren van het einde van de zestiende eeuw. Welke windbrief bij welke molen hoort is echter niet meer uit te maken. De Koockermolen stond in elk geval waarschijnlijk al veel eerder dan 1630 in Wormer.
Waar deze molen precies stond is dus ook niet bekend.
De huidige meelmolen De Koker, die aan de Kokersloot staat, werd vroeger ook wel De Zwarte Hengst genoemd. In 1654 was Jan Willemsz Molenaer voor de helft eigenaar. Zijn weduwe Grietje Cornelis verkocht dat part na zijn dood in 1679 aan Cornelis Maertensz. Toen bleek ook dat Molenaer nog 1/12e part in de Middelmolen en de Spijtmolen had. Samen met een erf en een huisje ging alles voor f. 2400,- van de hand, een kapitaal voor die tijd.
Van de latere geschiedenis van de molen is wat meer bekend. In oktober 1752 werd er actie ondernomen tegen fraudering en sluikerijen door de Zaanse meelmolenaars. In Wormer was toen alleen De Koker nog over en Barend Nooy tekende als molenaar. Hij zou tot het einde van de achttiende eeuw met De Koker blijven werken. Hij deed dat toensamen met Dirk van Kleef.
Op 3 april 1783 werd de molen verkocht en toen bleek dat Dirk voor 5/9e eigenaar was en Nooy voor de rest. Aangezien Dirk van Kleef vervolgens steeds als eigenaar werd genoemd zal hij toen het 4/9e part van Nooy hebben overgenomen.
In elk geval bracht hij De Koker in het zgn. papiermakerscontract onder. Dit was een grote onderlinge brandverzekering voor molens, die in de achttiende eeuw gedomineerd werd door het grote aantal papiermolens, dat er in was ondergebracht. Io 28 februari 1784 werd De Koker ingeschreven voor f. 2500,- en dat zou zo bijven tot 9 september 1799.
Op 13 januari 1813 verkochten Dirk van Kleef en zijn vrou Antje van Dijk de molen voor f. 4800,- en f. 200,- voor los gereedschap aan Klaas Schoorl en Jacob Adriaansz Prins uit Zaandam.
Jacob overleed op 26 april 1821, waarna het toen op f. 1400,- getaxeerde part overging naar zijn zuster Guurtje Prins, die getrouwd was met de veerman Klaas Cornelisz Dekker uit Koog.
Een paar maanden later – op 23 augustus – werd De Koker weer verkocht. Dit keer was Maartje Kruythof, de weduwe van Joris Molenaar uit Purmerend, de koopster.
Zij was nog steeds eigenaresse toen de molen op 8 augustus 1840 tot de grond toe afbrandde. Er werd toen een nieuwe molen gebouwd. Dit keer was het een mooie wipmolen, zoals hij in diverse kronieken werd omschreven. Dirk van Egmond was de eigenaar van deze nieuwe molen. Hij was burgemeester van Wormer.
Op 31 juli 1866 verbrandde de meelmolen opnieuw. Dit keer was De Koker verzekerd voor f. 4700,- . Ook Van Egmond zou de molen laten herbouwen, waarvoor hij een molen uit Graft aankocht. Deze stond eerst als De Hoop of Arme Jacob in Zaandijk, waar hij tegen de grens met Wormerveer aan in 1679 als papiermolen was gebouwd.
Deze molen ontsnapte ook maar op het nippertje aan verwoesting door brand. Begin februari 1887 werd er ’s ochtends om tien uur vuur onder de molen van Dirk Wakker ontdekt. De felle wind wakkerde de vlammen snel aan, maar omwonenden slaagden er snel in het brandje te doven, zodat de schade beperkt bleef . Dirk Wakker, die een fouragehandel in Wormer had, zou lang met De Koker blijven werken. Hij werd uiteindelijk opgevolgd door Cornelis Koomen.
In 1930 werd De Koker door een ongeval aan de roeden getroffen, zodat de wieken er af moesten. Hij heeft toen jaren op een motor gedraaid. In 1947 kwam de zwaar verwaarloosde molen in bezit van de vereniging De Zaansche Molen. Pas drie jaar later slaagde men er in De Koker weer van roeden te voorzien.
Maar het noodlot had nog meer in petto voor de laatste molen van Wormer. In oktober 1960 werd De Koker door zwaar onweer getroffen. Door een blikseminslag brak de ketting en ging de molen draaien, waardoor één van de roeden in het molenlijf sloeg. Bij de inspectie van de molen bleek in de kap een stuk verkoold hout te liggen, maar wonder boven wonder was er geen brand uitgebroken. In december was De Koker weer gangbaar, maar nauwelijks een jaar later. Tijdens hevig noodweer sloeg de molen weer los. Slechts door dat enkele leden van de vereniging er met gevaar voor eigen leven inslaagden de molen uit de wind te kruien, wisten zij De Koker te behouden.
Pas zes jaar later konden er weer maaldagen gehouden worden. In 1975 volgde een grondige restauratie, waarbij de kap werd vervangen en er een aantal gaten in het rietdek werden gedicht.