De Waterdief was een buitenbeentje onder de watermolens. Hij werd namelijk niet gebouwd om een polder droog te malen, maar juist om het waterpeil op niveau te houden. Hij pompte dus water in inplaats van uit. Dat deed hij uit de Wouderpolder bij Krommenie naar het zgn Buitendijken-gebied of Honderd Morgen bij Assendelft, die nogal hoog lagen.
De molen werd in 1731 voor f. 2795,- gebouwd door Jan Otte van der Woude, die hem opstelde bij de Dam ‘voor de voormaals buijten—nu binnenbedijkte – landen leggende tussen de Assendelver en St. Aagtendijk.’ De molen haalde zijn water uit de Ham bij Krommenie en pompte het in De Kil. De poldermeesters van de Wouderpolder en de schepenen en vroedschappen van Krommeniedijk kwamen vergeefs in verzet tegen de bouw van de molen, die al op 23 januari 1719 bevolen werd door de Staten van Holland en Westvriesland.
De molen stond feitelijk op grondgebied van Uitgeest, maar de inwoners van Assendelft draaiden op voor de bouwkosten. Dat leidde uiteraard tot fel verzet, waardoor de bouw nog twaalf jaar werd opgehouden.
De Kil, waarin het water door De Waterdief werd uitgegooid, was een restant van de vroegere Cromme IJ, de verbindingsvaart tussen het Lange Meer – nu Alkmaardermeer – en het IJ. Dit was voor 1632 de belangrijkse vaarverbinding van Alkmaar naar Amsterdam, maar door verzanding werd de doorvaart steeds moeilijker.
Het probleem werd opgelost, toen in 1632 de Nauernasche Vaart werd gegraven. Door afdamming van de Cromme IJ en verdere dicht slibbing van het voormalige zeegat ontstonden de buitendijkse landen, die uiteindelijk na veel strijd werden ingedijkt. Het gebied heette toen de ‘Binnengedijkte buitenlanden’ of ‘Honderd Morgen’. Aangezien dit land hoger lag dan de omringende landen was het moeilijk het waterpeil te beheersen. In de zomermaanden werden de landen vaak geteisterd door grote droogte en water inlaten kon niet. Daarop werd besloten een watermolen te bouwen, die water uit de Ham bij Krommenie haalde.
Dat de bouwkosten op Assendelft werden verhaald vond zijn oorsprong in het feit dat door de afdamming van de Binnengedijkte Buitenlanden tot gevolg had dat Assendelft veel minder aan onderhoudskosten moest gaan betalen voor de Assendelver Zeedijk, waarvan een groot gedeelte nu op het land kwam te liggen in plaats van aan de open zee van het Wijkermeer.